علی مطهری فرزند شهید مطهری گفت: آیت الله مطهری دوراندیشی خوبی داشت. البته این نظرشان مبتنی بر آن اصل کلی استقلال روحانیت شیعه از دولت‌ها بود. ایشان می‌گفتند روحانیت شیعه در طول تاریخ همیشه از دولت‌ها مستقل بوده و بر آنها نظارت داشته است، از نظر روحی متکی به خدا بوده و از نظر اجتماعی متکی به مردم و هیچ وقت در کنار دولت‌ها نبوده و همیشه در کنار مردم بوده است. ایشان می‌گوید حتی در جمهوری اسلامی باید این حالت حفظ بشود که روحانیت در کنار مردم و ناظر بر دولت‌ها باشد تا بتواند دولت‌ها را امر و نهی کند و هدایت کند، ولی وقتی دولتی شد، دیگر این کار مقدور نیست.